En cuanto al color principal el color rojo (denominado rojo australiano) es debido al
alelo recesivo del gen de extensión de la eumelanina (genotipo ee) que impide que dicho
pigmento se extienda por el cuerpo del perro, y como este genotipo impide la expresión
de los otros genes para el color, en estos casos no podremos saber el genotipo para esos
genes a no ser lo que podamos deducir del color de la trufa.

Otro color es el arena y blanco, debido al alelo Ay del gen A, que se diferencia del rojo
australiano en que el arena y blanco (que debe tener al menos un alelo dominante del
gen E y genotipo kk para el gen K, para que pueda expresarse este color) tendrá pelos
negros mientras que el rojo australiano no. Y si tiene el alelo Kbr en ausencia del K será
atigrado.

Otros colores son el negro y blanco (bicolor) y el negro, blanco y fuego (tricolor); la
herencia del bicolor es por el alelo dominante del gen K (además debe llevar al menos
un alelo dominante de los genes E, B y D y ser recesivo para el M, genotipo mm) y la
del tricolor es debida al alelo at del gen A (en este caso debe ser recesivo para el gen K,
genotipo kk). Es curioso que el color negro (cuando no va acompañado por fuego) se
debe a genotipos distintos en diferentes razas de la familia Collie, a veces se debe al
alelo más recesivo del gen A (a) que es lo más común en el sheltie, y otras veces al alelo
más dominante del gen K, que es lo que ocurre en el border.